Soprannominato la Pulga (in italiano la Pulce), per via della sua statura, inizia a giocare a calcio all'età di cinque anni nel Grandoli, squadra allenata dal padre. Nel 1995, a otto anni, passa al Newell's Old Boys. All'età di 12 anni, gli viene diagnosticata una forma di ipopituitarismo (deficienza di secrezione di somatotropina). Il River Plate mostra interesse nei suoi confronti, ma non ha abbastanza denaro per pagargli le cure necessarie e il trasferimento dal Newell's Old Boys. È quindi il Barcellona, attraverso il direttore sportivo Carles Rexach, ad interessarsi al suo talento dopo averlo visto giocare e ad assicurarsi le prestazioni sportive del ragazzo, rendendosi disponibile a pagargli le cure qualora si fosse trasferito in Spagna; Messi arriva quindi in Europainsieme alla famiglia, venendo aggregato alle formazioni giovanili dei blaugrana e firmando il suo primo contratto ufficiale il 1º marzo 2001.
Nel 2002 fu in procinto di passare alla squadra italiana Como, come dichiarato da Enrico Preziosi, allora presidente della squadra lariana, ma il trasferimento non andò in porto: "Venne da noi per un provino: aveva 15 anni e lo scartammo".
Fa il suo esordio non ufficiale in prima squadra contro il Porto il 16 novembre 2003 e dopo meno di un anno debutta in una gara ufficiale contro l'Espanyol il 16 ottobre 2004, diventando il terzo più giovane giocatore a vestire la maglia del Futbol Club Barcelona ed il più giovane a giocare nella Liga (record battuto solo dal compagno Bojan Krkić nel settembre 2007). Quando realizza il suo primo gol in prima squadra contro l'Albacete il1º maggio 2005, ha solo 17 anni, 10 mesi e 7 giorni, diventando così il più giovane giocatore ad aver segnato in una gara di campionato per il Barça fino al 2007, quando è ancora Bojan Krkić a superare questo record, realizzando una rete su assist dello stesso Messi.
La ribalta internazionale arriva nell'estate del 2005 quando, segnando 6 gol in 7 partite, contribuisce alla vittoria della sua nazionale al Mondiale Under-20, divenendo il capocannoniere e venendo eletto miglior giocatore del torneo. Inoltre risulta essere l'unico calciatore ad aver segnato in tutte le fasi della competizione: una rete nella fase a gironi contro l'Egitto, una rete negli ottavi di finale contro la Colombia, una rete ai quarti di finale contro laSpagna, una rete in semifinale contro il Brasile e la doppietta decisiva nella finale contro la Nigeria.
